Если нужно более подробно посмотреть что делает веб сервер Apache, а данных лог файлов или server-status не достаточно всегда можно воспользоваться утилитой strace.

Для этого в системе должны быть установлены следующие пакеты: ps, awk, xargs, strace

Читать дальше

Чтобы средствами веб сервера закрыть доступ к сайту можно воспользоваться

Apache и .htaccess

1. Создайте файл .htaccess в корневой папке сайта с кодом:

AuthType Basic   
AuthName "Private Zone" 
AuthUserFile  "/var/www/.htpasswd"
Require valid-user

Читать дальше